Fitur keamanan Yamaha Mio M3 125 mencakup Smart Stand Side Switch, Smart Lock System, serta sistem pengereman cakram depan dan tromol belakang.
Fitur tersebut membantu aktivitas harian menjadi lebih praktis, tetapi tidak menggantikan helm yang sesuai standar, perilaku berkendara yang hati hati, dan perawatan berkala.